Был участником леворадикального партизанского движения Тупамарос, был схвачен и провёл в военных тюрьмах 14 лет. С 2005 по 2008 годы был министром животноводства, сельского хозяйства и рыболовства Уругвая, затем — сенатором.
Являлся кандидатом Широкого фронта на президентских выборах 2009 года. Во втором туре выборов 29 ноября победил своего основного конкурента и был избран президентом Уругвая. 1 марта 2010 года официально вступил в должность.
В 2014 году Мухика был выдвинут на соискание Нобелевской премии мира за подписание закона, легализующего употребление марихуаны в Уругвае.
1 марта 2015 года с избранием Табаре Васкеса на пост президента страны покинул этот пост и был избран в Сенат Уругвая. В августе 2018 года он написал заявление о сложении своих полномочий, несмотря на то, что срок истекал в 2020 году. После досрочного выхода на пенсию Мухика отказался от сенатской пенсии.
Интересные факты
На момент, когда он был избран президентом, у него в собственности был только автомобиль Volkswagen Beetle 1987 года.
В 2014 году ему предложили продать машину за $1 млн, но он отказался.
В 2018 году он отказался от пенсии, посчитав эти деньги излишеством
